يعتبر أحد البرامج الرئيسية الذي ينفذه المركز منذ العام 2011، ويهدف إلى تقديم تصورات واقتراحات عملية وواقعية لإنهاء الانقسام الداخلي من خلال حوار غير رسمي بمشاركة سياسيين من الفصائل الرئيسية وشخصيات مستقلة وممثلين عن المجتمع المدني والمرأة والشباب في الوطن والشتات، حول الخطوات والآليات اللازمة لإعادة بناء الوحدة الوطنية على مستوى مؤسسات منظمة التحرير والسلطة والاتحادات والنقابات. وهو بذلك يعتبر برنامجا داعما للحوار الوطني الرسمي منذ التوصل إلى اتفاق المصالحة بالقاهرة في أيار 2011.
تم في سياق هذا البرنامج إنتاج العديد من الوثائق حول إعادة بناء مؤسسات منظمة التحرير، وتقديم تصورات عملية حول البرنامج السياسي الوطني، وبرنامج الحكومة، وآليات عملية لإعادة توحيد المؤسسات المدنية التابعة للسلطة في الضفة والقطاع، إلى جانب تقديم تصورات وآليات مقترحة لإعادة توحيد ودمج الأجهزة الأمنية وبلورة مشروع لهيئة الشرطة، وكذلك تقديم آليات مقترحة لإعادة توحيد وتفعيل الاتحادات الشعبية والنقابات المهنية.
وإلى جانب ذلك، تم إصدار كتاب "تكلفة الانقسام وأثره على الفلسطينيين"، بمشاركة فريق واسع من الباحثين ومساعدي البحث، وتناول كلفة الانقسام في المجالات السياسية والاقتصادية والاجتماعية والثقافية والحريات العامة وحقوق الإنسان، إضافة إلى تأثير الانقسام على الفلسطينيين في أراضي 48 والشتات.
توج هذا البرنامج بالتوصل إلى وثيقة الوحدة الوطنية كحصيلة لعملية حوارية واسعة في فلسطين التاريخية والشتات، وتتضمن رؤية شاملة لكيفية إنهاء الانقسام وإعادة بناء الوحدة الوطنية. كما تم تشكيل لجنة متابعة داعمة للوثيقة من خلال تنظيم سلسلة من الفعاليات واللقاءات، وتضم ممثلين عن أبرز القوى والمجموعات الناشطة ضد الانقسام.